灵芝在世界各地都有发现，不同的特征，如子实体的形状和颜色（红色、黑色、蓝色/绿色、白色、黄色和紫色）
、寄主特异性和地理起源，被用来鉴定该物种的个体成员。不幸的是，由于不同地理位置在不同气候条件下种植的差异以及个别物种的自然遗传发育（例如突变、重组），形态特征可能会发生变化
。因此，宏观特征的使用导致了大量的同义词和混淆、重叠和不清楚的分类。因此分类学家们在灵芝的分类上相继做出了努力。
一些分类学家利用厚垣孢子的产生和形状、酶的研究以及在较小程度上生长温度的范围和最适温度也被用于区分形态相似的物种理论，通过显微解刨，观察厚垣孢子形状和大小、背景颜色和一致性以及菌毛外壳对灵芝进行分类。
目前还有一些分类学家通过生物化学、遗传学和分子生物学方法对灵芝进行物种分类。用于鉴定灵芝物种的基于分子的方法包括重组（rDNA）测序，随机扩增多态性，内部转录间隔区（ITS）序列，序列相关扩增多态性，肠杆菌重复基因间一致性（ERIC）元件和扩增片段长度多态性等。
日常我们都会以灵芝产地和灵芝的颜色作为分类，在中国南方黑灵芝、紫灵芝、黄灵芝也称金灵芝比较受欢迎，认为它们是生长时间比较长，药物价值更高。